斌水师舰船损毁一百多艘,城上大炮也炸坏了七门,炮兵伤亡了三分之一。湖广总督李翰章也趁太平军德安兵少攻破了德安府,德安太守左江南、教士曾林战死,提辖彭怀东重伤后被百姓所救。李翰章攻汉阳府不克,绕攻黄州府,收买太平军地方部队黄冈县统领刘良善,里应外合破了黄州府,黄州府太守安思忠、教士丁太一、黄冈县长毛恩、传教李朝三等六十多名府县官员被擒遇害,提辖刘义城以下七千余人战死,只有佐辖粟米子带二百多人逃脱。李翰章缴获了一批太平军武器,甚为宝爱,分送短枪给曾国藩、李鸿章,带队直抵武昌城下,与刘坤一日日用各种方法攻城。李汝楫、汤云、何崇政三人日夜巡守城池,千方百计应付清军攻城。俗话说,好虎架不住群狼,清军武器虽差,但胜在兵多,刘坤一甚至拉来了两门八千斤铜炮轰击城门,一度在宾阳门左侧轰出一宽三丈余的缺口,清兵蜂拥而至,从缺口入城,太平军冒着敌人炮火,一边用重炮射击清军铜炮,一边用野炮、步枪打击清兵,又用骑兵出宾阳门冲击清兵步队,辎重部队忙运来石头等材料,太平军逐渐堵住了这处缺口。但清军水陆三面连日进攻,太平军伤亡近三分之一,李汝楫、汤云、何崇政三人俱各带伤,武昌形势万分危急。
1868年2月7日,古大力接到探子报来武昌告急及围城清兵军情等,立率全部西征军、龙怒涛率太平军长江水师五艘铁甲舰,七十艘木制炮艇,向武昌急进。龙怒涛水师先到,罗伯特指挥各舰布阵后直取李朝斌江南水师。李朝斌也发现了龙怒涛的舰队,列阵相迎,双方在长江江面展开炮击,太平军使用了新研发生产的火箭弹。清军战船远远地就开了炮,但是每艘战船只有2、3门老式炮,不仅火力弱,而炮弹的命中率更是令人堪忧,况且还是实心弹,根本对铁甲舰造不成大损伤。太平军舰艏炮猛烈开火攻击清军战船,而清军战船还击的炮火却稀稀落落。太平军舰、艇火炮射速快、打得准、射程远,炮弹是开花葡萄弹和霰弹,一炸一大片,再加上还有火箭弹,不到半日,数百艘清军战船起火,水师兵勇被打得血肉横飞、魂飞胆丧,李朝斌主帅战船首先掉头逃跑,其他战船也是惊慌失措,纷纷逃命。但是太平军长江水师利用速度快,炮火猛,不停地射击,清军兵勇乱作一团,争相逃命,有的跳上舢板逃生,有的干脆跳入江中向岸边游去,还有被打死的沉入江底。九百多艘战船除五十多艘逃走外,其余不是被击沉,就是被遗弃,半日后,落后的数百艘清军长龙、舢板在江面燃起熊熊大火,江面火光冲天,浓烟滚滚。湘军陆战队见势不妙,都弃船逃上岸,投刘坤一的陆军去了。太平军水战大胜,解除了武昌水面包围,水师总教廖忠又带二十艘木制炮舰沿江轰击清军陆兵,刘坤一只得收缩驻地远离江边,武昌城防守压力顿时成倍减轻。1868年2月11日,古大力西征军第四野战师赶到武昌城外,立即掘壕筑垒建立营地,第二日中午,天气晴好,古大力大队赶到,太平军千炮齐发,刘坤一的湘军标准壕垒顷刻墙倒垒平,清兵先被炸晕,反应过来后就开始四散奔逃,只恨爹娘少生了两只脚,刘坤一喝止不住,独带十营老湘军凭险抵抗。古大力以四师攻刘坤一,自带五师攻李翰章,李翰章军大败,刘良善被活捉后处决,李翰章带百余亲兵逃跑,被太平军骑兵追上包围,李翰章被生俘。五师回攻侧击刘坤一军,刘坤一带少数卫队逃脱。古大力派任柱的骑兵旅收复黄州、德安,第四野战师克襄阳、荆门,第五野战师克宜昌、郧阳、施南,申建功忙着选派人员与各地天道教徒一起建立地方政权及部队,推行太平天国各项政策,湖北乃定。